중도퇴사자인데, 연말정산 간소화는 어떻게 진행해야 하나요?

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중도퇴사자인데, 연말정산 간소화는 어떻게 진행해야 하나요?


"2025년 9월에 퇴사했는데... 그럼 제 연말정산은 공중에 뜬 건가요?"

매년 1월이면 직장인 커뮤니티에 가장 많이 올라오는 질문 중 하나입니다. 1년(1월 1일~12월 31일)을 채우지 않고 중간에 퇴사한 '중도퇴사자'들은 1월 연말정산 시즌에 소속된 회사가 없어 당황하기 마련입니다.

결론부터 말씀드리면, 중도퇴사자 연말정산은 '1월'이 아니라 '5월'에 직접 해야 합니다. 그리고 1월 간소화 서비스는 5월 신고를 위한 '자료 준비 기간'으로 활용해야 합니다.

이 글에서는 중도퇴사자가 자신의 상황에 맞게 연말정산을 어떻게 진행해야 하는지, 그리고 '13월의 월급'을 놓치지 않기 위해 5월에 무엇을 해야 하는지 명확하게 알려드립니다.

글의 목차

1. 중도퇴사자 연말정산, 핵심은 '5월 종합소득세 신고'

먼저 개념부터 잡아야 합니다. 1월에 하는 '연말정산'은 '회사'가 직원을 대신해서 세금 신고를 해주는 '단체 신고'입니다.

반면, 5월에 하는 '종합소득세 신고'는 '개인'이 자신의 1년 치 모든 소득(근로, 사업, 기타 소득 등)을 직접 국세청에 신고하는 '개인 신고'입니다.

중도퇴사자는 퇴사하는 달의 마지막 급여를 받을 때, 회사에서 '기본공제(본인 인적공제 등)'만 적용한 최소한의 연말정산을 받게 됩니다. 이때 회사는 근로자가 1년 내내 이 월급을 받을 것이라 가정하고 세금을 미리 떼었기 때문에(원천징수), 대부분 세금을 더 많이 낸 상태입니다.

하지만 신용카드, 의료비, 보험료 등 '특별공제'는 하나도 반영되지 않았습니다.

따라서, 중도퇴사자 연말정산의 핵심은 2026년 5월 종합소득세 신고 기간에 홈택스를 통해 "제가 2025년에 이런 공제 항목들을 사용했습니다!"라고 직접 신고하여, 퇴사 시점에 미처 공제받지 못한 세금을 환급받는 것입니다.

2. (가장 중요) 중도퇴사자의 상황별 시나리오 3가지

모든 중도퇴사자가 5월에 신고해야 하는 것은 아닙니다. 본인이 어떤 상황인지 정확히 파악해야 합니다.

시나리오 1: 2025년 A사 퇴사 → 2025년 12월 31일 기준 B사 재직 중

(가장 일반적인 이직) 이 경우는 '중도퇴사자'가 아닙니다. 1월에 연말정산을 해줄 'B사(현 직장)'가 있기 때문입니다.

절차: 1월에 B사에서 연말정산을 진행할 때, A사(전 직장)에서 받은 '근로소득 원천징수영수증'을 B사 인사팀에 반드시 제출해야 합니다. 그러면 B사가 A사 소득과 B사 소득을 합산하여 1년 치 전체에 대해 연말정산을 해줍니다. (1월 간소화 서비스도 B사에서 똑같이 이용하면 됩니다.)

시나리오 2: 2025년 A사 퇴사 → 현재(2026년 1월) 무직 또는 프리랜서/자영업

(가장 중요한 케이스) 1월에 연말정산을 해줄 회사가 없는 경우입니다.

절차: (1월~4월) : 아무것도 할 필요가 없습니다. 단, 1월 15일에 홈택스 간소화 서비스가 열리면 내 자료가 잘 수집되었는지 '확인'만 해둡니다. (제출은 안 함) (5월 1일~31일) : '종합소득세 신고 기간'에 홈택스에 접속합니다. '근로소득자 신고' 메뉴에 들어가면, A사(전 직장)의 소득 정보와 1월 간소화 서비스의 지출 정보가 자동으로 불러와집니다. 여기에 누락된 공제(월세, 안경 등)를 추가로 입력한 뒤 '신고서 제출'을 클릭하면 끝입니다. 환급금은 6월 말경 본인 계좌로 입금됩니다.

시나리오 3: 2025년에 여러 회사에서 근로소득이 발생한 경우 (N잡러)

2025년에 A사(정규직)를 다니면서 B사(파트타임)에서도 근로소득이 발생했다면, 5월 종합소득세 신고 기간에 A사, B사의 소득을 모두 합산하여 신고해야 합니다.

3. 👤 Case Study: B씨가 120만 원 환급받은 '5월 신고' 후기

조합: [20대 사회초년생 B씨 (연봉 3,600만 원), 2025년 9월 퇴사 후 휴식 중]

B씨의 착각: "퇴사할 때 회사에서 '정산 완료'라고 해서 연말정산은 끝난 줄 알았어요. 1월에 친구들이 환급금 이야기할 때 '나는 퇴사했으니 0원이겠지'라고 생각했죠."

B씨가 놓친 것: B씨는 9월까지 월 300만 원(연 3,600만 원 기준)의 세금을 냈습니다. 하지만 퇴사 시점 정산은 '신용카드', '의료비', '보험료' 공제를 하나도 반영하지 않은 '기본 정산'이었습니다.

B씨의 행동 (5월): 우연히 이 사실을 알게 된 B씨는 5월에 홈택스에 접속했습니다. '종합소득세 신고' 메뉴에 들어가니 1월에 열렸던 '연말정산 간소화' 자료가 그대로 연동되었습니다.

  • (자동 반영) 9월까지 쓴 신용카드 1,200만 원, 보험료 100만 원
  • (추가 입력) 10월에 병원 간 의료비 50만 원, 1년 치 월세 600만 원

결과: 모든 공제를 반영하자 '결정세액'이 0원에 가깝게 떨어졌고, 9개월간 미리 냈던 세금 약 120만 원이 '환급 대상'으로 잡혔습니다. B씨가 5월에 신고하지 않았다면 이 120만 원은 그대로 사라질 뻔했습니다.

4. '근로소득 원천징수영수증'은 왜 필수인가요?

중도퇴사자에게 가장 중요한 서류가 바로 '근로소득 원천징수영수증'입니다.

이 서류는 퇴사한 회사에서 발급해주는 일종의 '성적표'로, 다음과 같은 정보가 담겨있습니다.

  • 총 급여액 (수입): 2025년 그 회사에서 얼마를 벌었는가.
  • 기납부세액 (미리 낸 세금): 2025년 월급에서 뗀 세금이 총 얼마인가.
  • 결정세액 (최종 세금): 퇴사 시점 기본공제만 적용한 최종 세금이 얼마인가.

5월에 종합소득세 신고를 할 때, 홈택스가 이 정보를 자동으로 불러오지 못하는 경우가 가끔 있습니다. 이때 이 영수증에 적힌 숫자를 직접 입력해야만, 내가 '미리 낸 세금'을 인정받아 환급 절차를 시작할 수 있습니다.

💡 잊지 마세요!: 퇴사 절차를 밟을 때, 인사팀에 "2025년 귀속 근로소득 원천징수영수증 1부 발급해 주세요"라고 꼭 요청하세요. (보통 3~4월 이후 홈택스에서도 조회가 가능하지만, 미리 받아두는 것이 가장 안전합니다.)

5. 중도퇴사자 연말정산 자주 묻는 질문 (FAQ)

Q. 5월에 종합소득세 신고를 안 하면 어떻게 되나요?

A. '환급'받을 세금이 있다면 본인 손해입니다. 국세청이 알아서 챙겨주지 않습니다. 반대로, 추가로 '납부'해야 할 세금(예: N잡 소득 합산 누락)이 있는데 신고하지 않으면, 나중에 가산세까지 물게 될 수 있습니다. 100% 환급 대상이라도 신고는 무조건 하는 것이 좋습니다.

Q. 퇴사한 회사에 연락하기 싫은데 '원천징수영수증'은 어디서 받나요?

A. 가장 좋은 것은 퇴사 시 받는 것입니다. 만약 놓쳤다면, 2026년 3월 이후 홈택스 [My홈택스] > [연말정산·지급명세서] > [지급명세서 등 제출내역] 메뉴에서 조회가 가능할 확률이 높습니다. (회사가 국세청에 신고를 완료했다면)

Q. 퇴사한 이후(10~12월)에 쓴 신용카드도 공제되나요?

A. 네, 공제 대상입니다. 연말정산 간소화 자료는 '2025년 1년 치' 전체를 불러옵니다. B씨 사례처럼 10월에 쓴 의료비, 1년 내내 낸 월세 모두 5월 신고 시 공제받을 수 있습니다.

중도퇴사자 연말정산의 전체적인 절차와 개념은 상위 가이드를 참고하세요.

➡️ 모든 근로소득자가 반드시 알아야 할 연말정산 간소화 서비스 핵심 절차

결론

중도퇴사자 연말정산의 핵심은 '1월에 포기하지 말고, 5월을 기억하는 것'입니다. 1월에 연말정산을 해줄 회사가 없다고 해서 여러분의 환급금이 사라지는 것은 절대 아닙니다.

오히려 1월에 접속이 몰리는 홈택스 대신, 5월에 여유롭게 접속하여 1년 치 공제 자료를 꼼꼼히 챙겨 신고할 수 있는 '기회'를 얻은 것입니다.

퇴사 시 '근로소득 원천징수영수증'만 잘 챙기고, 5월 '종합소득세 신고' 알람만 맞춰둔다면, 숨어있던 13월의 월급을 반드시 찾으실 수 있습니다.

(이 글은 2025년 11월을 기준으로 작성되었습니다.)

(종합소득세 신고 기간 및 절차는 국세청의 방침에 따라 달라질 수 있습니다. 2026년 5월, 홈택스 공지사항을 반드시 확인하시기 바랍니다.)

* 작성자 정보: (글쓴이: 세무히어로) 15년 경력 세무 전문가, 절세 전략 컨설턴트